Carleton no le dio mas opción que la rendición total y el internamiento en la reserva de Bosque Redondo, situada en una planicie junto al río Pecos en el norte de Nuevo Mexico. Unos 400 mescaleros fueron internados en este lugar en marzo de 1863.
La experiencia fue traumática, no solo para los mescaleros, sino para varios miles de navajos que el año siguiente empezaron a llegar despues de ser derrotados por Kit Carson. Las dos tribus tenían una trayectoria de enemistad y no se llevaban bien. Las condiciones de vida no eran nada favorables; el agua alcalina del Pecos causaba disentería, las condiciones sanitarias eran deficientes y enfermedades como la meningitis y la gripe provocaron la muerte de muchos indios, sobre todo los mas débiles , niños y ancianos. Además México sufrió una sequía que provocó la pérdida de cosecha y ganado que originó una hambruna que afectó a toda la población. En 1865 Labadie protestó afirmando que los mescaleros habían recibido raciones de carne de vacuno que habia muerto de emfermedad. Indignados ante tal situación, los mescaleros huyeron de la reserva llevándose a sus familias. Algunos se dirigieron a las llanuras y acabaron uniendose a sus antiguos enemigos los camanches. Sin embargo la mayoría acabó refugiándose en lo que consideraban el centro de su territorio: La Sierra Blanca del sur de Nuevo Mexico. Allí permanecieron un tiempo.

Hubo varios inconvenientes con la reserva. En primer lugar no fue producto de un tratado entre tribu y gobierno, sino que fue creada por orden ejecutiva, es decir por decreto presidencial. El congreso federal nunca llegó a ratificar la transacción y siempre existió la duda de si era de caracter permanente. Tampoco se tomó la molestia de definir los límites exactos de la reserva. Hubo que esperar hasta 1922 para que el gobierno de los Estados Unidos confirmara el reconocimiento oficial de la reserva mescalero.
Además la mayoría de los euroamericanos de la región veían con poca simpatía a los habitantes de la reserva a los que acusaban de robar el ganado y utilizar la reserva como santiario. Sin embargo debe tenerse en cuenta que en el condado de Lincoln la situación dejaba mucho que desear pues la delincuencia entre la población euroamericana estaba muy extendid , con robo de ganado e incluso asesinatos . La lucha para controlar la economia del condado se movia en las mas altas esferas e iba a degenerar en la llamada "guerra del condado de Lincoln " en la que entre otros personajes destacaria el tristemente famoso "Billy el Niño"

Victorio no era mescalero, sino jefe de los chiricahuas de la banda oriental conocidos como apaches de Ojo Caliente o Fuente Caliente. A Victorio se le ha considerado el mejor estratega militar indigena del suroeste exceptuando a Cochise. Su mención en el presente trabajo se debe a que parte de su trayectoria se relaciona con los mescaleros.

La persecución de Victorio llevó a éste y 13 de los suyos a la reserva mescalera donde llegaron el 30 de junio de 1879 con la intención de establecerse. El agente Russell les informó que tenían que esperar una autorización de Washington y, mientras esperaban, los hombres de Victorio mostraron su beligerancia, hablando de volver al sendero de la guerra y animando a los mescaleros a unirse a ellos. La intervención del jefe mescalero San Juan y el Dr. J.H. Blazer, un colono amigo de los mescaleros, logró apaciguar los ánimos, con la entrega de un buey y algunas raciones.

Sin embrago unos dias después una fiesta de los apaches acabó en borrachera y con la muerte de un mescalero, culpándose al grupo de Victorio de lo sucedido. En medio del ambiente enrarecido, se recibió la noticia de que el juez Bristoe y el fiscal del condado habian presentado cargos contra Victorio por asesinato. Cuando el grupo de Victorio lo supo, cogieron sus caballos y las provisiones que pudieron llevarse y huyeron. Esto fue el 4 de septiembre de 1879. Les acompañaron varios mescaleros y en los meses siguientes se les unieron muchos mas, incluso otros chiricahuas. Había comenzado una nueva guerra que iba a afectar a los indios mescaleros que quedaban en la reserva. Según Russell, la mayoría de los mescaleros deseaba vivir pacíficamente en la reserva, estaban cansados de huir, constantemente acosados por los soldados y por los temidos exploradores apaches.

En la primavera de 1880 el coronel Edward Hatch, comandante de las tropas en campaña en el sur de Nuevo México, recibió la autorización para decomisar las armas y los caballos de los mescaleros. Hatch sabía que, si los indios sospechaban de sus intenciones, se dispersarían y probablemente muchos de ellos acabarían uniéndose a Victorio.

Era por lo tanto esencial conseguir la colaboración del agente Russell. Aunque Russell consideraba que Victorio y sus secuaces constituían un peligro para la pacificación de los apaches, no estaba de acuerdo con Hatch y otros oficiales en considerar a los mescaleros en general como culpables de colaborar con el enemigo. Por lo tanto el coronel decidió actuar con astucia y no comunicar al agente el verdadero alcance de la operación en marcha.

El coronel Hatch informó a Russell de su intención de decomisar las armas y el ganado, a lo que el agente respondió que de haberlo sabido los indios de la reserva no se habrían presentado. Es más, Russell declaró que los mescaleros, fiándose de la amistad que le profesaban, habían confiado en él y por lo tanto se negaba a ser partícipe de tal engaño. Como respuesta, Hatch amenazó con lanzar a los exploradores
apaches contra los mescaleros y Russell, viendo que no tenía alternativa, se avino a llegar a un acuerdo con el oficial. Tras su entrega, armas y caballos les serían devueltos una vez que la situación respecto a Victorio se hubiese normalizado.

Cumpliendo con su parte del pacto, Russell consiguió que los mescaleros se trasladasen a un lugar más cercano a la Agencia, lo que hicieron el martes y el miércoles. Sin embargo, el lugar escogido no era de la satisfacción de Hatch, que exigió otro más accesible para la tropa donde los indios debían agruparse junto con la totalidad de su ganado.

El jueves por la tarde Hatch, acompañado por otros oficiales y por Russell, se dirigieron a los campamentos y contaron 309 personas. Russell, sus intérpretes y alguno de los oficiales opinaban que, habida cuenta del hecho de que había otros indios escondidos en las montañas circundantes, la suma total ascendería a unos cuatrocientos individuos y que probablemente se presentarían en la Agencia antes de la noche siguiente.

El desarme de los mescaleros requirió un número mayor de tropas que el disponible en Nuevo México y, por ello, no sólo se enviaron exploradores apaches desde San Carlos en Arizona, sino que también se obtuvo la colaboración del 10º de caballería del Distrito Militar de Texas. Esta unidad estaba al mando del coronel Benjamin H. Grierson, un oficial que durante la Guerra Civil alcanzó el rango temporal de mayor general del ejército federal y la fama, entre diversas acciones, por una contundente expedición punitiva tras las líneas enemigas contra las instalaciones sureñas en el estado de Mississippi. Grierson tenía el cometido de avanzar desde el sureste, cortando cualquier tentativa de fuga o suministro de los mescaleros en aquella dirección.

Sin embargo, el mismo Victorio vino desde México y en los montes San Andrés su banda interceptó un destacamento al mando del capitán Henry Carroll, que venía rodeando la reserva desde Fort Stanton. La unidad, debilitada y enferma por haber bebido agua contaminada con yeso, fue sorprendida por los apaches en el cañón Hembrillo, con el resultado de varios heridos y dos hombres muertos. Sólo la oportuna llegada del capitán Curwen B. McClellan, a cuyo mando se contaban los exploradores apaches del teniente Charles B. Gatewood, salvó la situación, obligando a Victorio a batirse en retirada. Mientras, Grierson y su columna colaboraron activamente en la operación para neutralizar a los mescaleros.

Este oficial opinaba que el agente Russell era un hombre honesto y que los mescaleros bajo su tutela eran «buenos y pacíficos» y no se les debía molestar, pero al mismo tiempo el coronel creía que la reserva era una base de refuerzos y suministros para los apaches hostiles que debía ser eliminada. Por lo tanto, no dudó en colocar su mando a disposición del coronel Hatch y colaboró plenamente en las operaciones entre el 12 y 16 de abril, ya descritas .

Finalizada la operación de desarme de los mescaleros, el 17 de abril de 1880 el cuartel general del Distrito Militar de Nuevo México emitió la siguiente proclama:

«El oficial comandante del 10º de caballería asignará una compañía para escoltar el ganado de los indios a Fort Stanton. Dicha unidad partirá esta mañana al mando de un oficial con instrucciones de regresar a Texas a partir del 20 de abril. Se autoriza al coronel Grierson a traer el ganado marcado que se sabe haya sido robado en Texas, con la finalidad de entregárselo a sus legítimos propietarios»

Por su parte, Hatch informó que las armas requisadas a los indios habían sido entregadas al Agente Russell, mientras que los caballos fueron llevados a Fort Stanton, salvo aquellos que Grierson se llevó consigo. Lo que probablemente no se mencionó fue que, además de las pertenencias personales y caballos de los mescaleros, los exploradores apaches se llevaron un caballo que pertenecía al Dr. Blazer, además de varios otros que eran del jinete correo vecino de éste. En respuesta a la queja que recibió de Russell, Hatch prometió investigar el asunto y, en el caso de que la información fuese correcta, devolver los animales a sus legítimos dueños. Durante meses, Russell protestó ante el gobierno por el miserable trato que se había dado a los mescaleros, la mayoría de los cuales simplemente deseaba vivir en paz en su reserva. Víctimas de ladrones de ganado, saqueados sus caballos y pertenencias por los soldados y los exploradores apaches, asesinados a sangre fría por éstos últimos y ahora sin armas para defenderse contra los cuatreros que pululaban por el sur de Nuevo México, los mescaleros se sentían abandonados por todos salvo por el agente Russell. Éste a su vez se sentía engañado por los militares y acusó directamente a Hatch de haberle hecho faltar a su palabra con los indios. El coronel, imperturbable, pasó por alto las protestas de Russell; consideraba que el fin justificaba los medios. Sin embargo, los objetivos de la operación sólo se habían cumplido en parte, porque no se había podido evitar la huida de casi cuarenta guerreros que fueron a engrosar las filas de Victorio; lo que tenía que haber sido una incautación de armas y caballos sin derramiento de sangre, tampoco se cumplió, pues perdieron la vida catorce mescaleros, la mayoría a manos de los exploradores apaches.

El 14 de octubre de 1880 la banda de Victorio fue acorralada por tropas mexicanas al mando del general Joaquín Terrazas en las montañas Tres Castillos, en el estado de Chihuahua. Al día siguiente los soldados, superiores en número y armamento, dieron muerte en menos de dos horas a sesenta guerreros y dieciocho mujeres y niños. Herido varias veces, Victorio recibió el tiro definitivo del explorador tarahumara Mauricio.
Sesenta y ocho mujeres y niños fueron apresados y posteriormente llevados a la ciudad de México, donde fueron vendidos como servidumbre perpetua, un eufemismo que en realidad significaba la esclavitud que estaba prohibida en México.

Una buena parte de la banda la formaban mescaleros; se tiene algunas cifras de las bajas e incluso se conocen algunos nombres.

Muertos: «Blanco» con esposa y niño; «Anton», esposa e hijo; «Gil Cure» y dos hijos; así como quince mujeres y catorce niños. Algunos caídos más elevaron el total de mescaleros muertos a 44. Otros veinte se hallaron entre los prisioneros. Esta información la obtuvo el capitán C. H. Conrad del jefe San Juan que declaró que se la habían suministrado algunos de los renegados que regresaron a la reserva.

Estas pérdidas sumadas a las sufridas a lo largo de 1879-1880 afectaron seriamente a la demografía de la tribu, que ya corría peligro de desaparecer.

La desaparición de Victorio puso fin a la resistencia organizada de los mescaleros. Varios de ellos se habían separado de la banda antes del desastre de Tres Castillos y ahora, perseguidos por las tropas mexicanas, buscaban la manera de regresar a los Estados Unidos. El clamor del pueblo mexicano en Chihuahua era casi unánime: ahora que el foco principal de los incursores apaches había sido aniquilado, los restos que
quedaban debían ser eliminados. El cónsul estadounidense en la ciudad de Chihuahua escribió al Secretario de Asuntos Exteriores en Washington dando los detalles de la victoria conseguida por el general Terrazas, y expresaba la esperanza de que su gobierno diese instrucciones a las autoridades de Nuevo México para detener a los apaches hostiles en cuanto cruzasen la frontera y entregarlos a México para ser juzgados.

Por su parte, el general Pope expresó el deseo de que toda la tribu fuese trasladada a un lugar lejos de la frontera.Su superior el general Philip Sheridan, comandante del Departamento de Missouri, avaló la petición.
No obstante, el gobierno estadounidense optó por una política de apaciguamiento e invitó a regresar a la reserva a aquellos mescaleros que todavía no lo habían hecho. El 13 de noviembre de 1880 el capitán C. H. Conrad, comandante de la guarnición destacada en la Agencia de Mescalero, reunió al jefe Nautzille y a los subjefes Gargona, San Juan, Roman Chiquito, Patricio, Trias, José Puyo y Cabastro Gordo, para comunicarles la nueva política del gobierno. Conrad les informó que el deseo del gobierno era que todos los mescaleros que se hallaban fuera de la reserva regresasen en paz a la misma. A sugerencia del oficial, los jefes acordaron escoger unos cinco hombres de la tribu para que fuesen a informar a los «renegados» de que podían regresar. Los mescaleros afirmaron que sólo había treinta y cuatro de los suyos ausentes de la reserva, que estaban en las Montañas Humo de México y que se tardaría aproximadamente un mes en lograr su regreso, lo cual hicieron.

Otra de las concesiones de la autoridad militar era la posesión de armas para la caza por parte de algunos hombres escogidos. Las armas sobrantes serían vendidas y con el dinero obtenido se compraría ganado para la tribu. Es más, una vez que todos los mescaleros estuviesen en la reserva, el gobierno entregaría dos yeguas a cada familia.Finalmente se garantizaba que los soldados protegerían a los indios de los blancos,
algunos de los cuales se dedicaban al robo de ganado y otros deseaban vengarse de los apaches.
Por fortuna para los indios, a partir de este momento la resistencia de los mescaleros cesó, pues su trayectoria a finales del siglo XIX fue distinta a la de los chiricahuas de las reservas de Fort Apache y San Carlos en Arizona. Mientras éstos siguieron el camino de la resistencia liderada por Gerónimo y Naiche, que acabó con su rendición en septiembre de 1886 y posterior destierro a Florida, Alabama y Oklahoma, los mescaleros

iniciaron una larga etapa de adaptación repleta de dificultades.